MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS2

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019434	A	6	6	15	20	100 %	0 %	0 %	0 %	414075297
2	NC_019434	TGAA	2	8	50	57	50 %	25 %	25 %	0 %	414075297
3	NC_019434	AGT	2	6	72	77	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075297
4	NC_019434	GAA	2	6	166	171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075297
5	NC_019434	CCA	2	6	172	177	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	414075297
6	NC_019434	TTTA	2	8	191	198	25 %	75 %	0 %	0 %	414075297
7	NC_019434	T	7	7	219	225	0 %	100 %	0 %	0 %	414075297
8	NC_019434	TGATAA	2	12	234	245	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	414075297
9	NC_019434	AC	4	8	246	253	50 %	0 %	0 %	50 %	414075297
10	NC_019434	T	6	6	292	297	0 %	100 %	0 %	0 %	414075297
11	NC_019434	A	8	8	310	317	100 %	0 %	0 %	0 %	414075297
12	NC_019434	ATG	2	6	380	385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075297
13	NC_019434	ATT	2	6	412	417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075297
14	NC_019434	AATC	2	8	426	433	50 %	25 %	0 %	25 %	414075297
15	NC_019434	TAT	2	6	495	500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075297
16	NC_019434	CGGA	2	8	558	565	25 %	0 %	50 %	25 %	414075297
17	NC_019434	GA	3	6	564	569	50 %	0 %	50 %	0 %	414075297
18	NC_019434	CCA	2	6	596	601	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	414075297
19	NC_019434	GAA	2	6	694	699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075297
20	NC_019434	CTT	2	6	713	718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075297
21	NC_019434	A	7	7	741	747	100 %	0 %	0 %	0 %	414075297
22	NC_019434	A	6	6	784	789	100 %	0 %	0 %	0 %	414075297
23	NC_019434	GAT	2	6	820	825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075297
24	NC_019434	AAG	2	6	836	841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075297
25	NC_019434	AAG	2	6	854	859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075297
26	NC_019434	GAA	2	6	865	870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075297
27	NC_019434	GCAAA	2	10	891	900	60 %	0 %	20 %	20 %	414075297
28	NC_019434	ATT	2	6	909	914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075297
29	NC_019434	A	7	7	977	983	100 %	0 %	0 %	0 %	414075297
30	NC_019434	ATG	2	6	998	1003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075297
31	NC_019434	GAA	2	6	1035	1040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075297
32	NC_019434	CT	3	6	1045	1050	0 %	50 %	0 %	50 %	414075297
33	NC_019434	ACAA	2	8	1061	1068	75 %	0 %	0 %	25 %	414075297
34	NC_019434	AAC	2	6	1154	1159	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075297
35	NC_019434	TGAG	2	8	1197	1204	25 %	25 %	50 %	0 %	414075297
36	NC_019434	AT	3	6	1255	1260	50 %	50 %	0 %	0 %	414075298
37	NC_019434	ATA	2	6	1268	1273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075298
38	NC_019434	TAA	2	6	1312	1317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075298
39	NC_019434	CTT	2	6	1361	1366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075298
40	NC_019434	CAA	2	6	1377	1382	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075298
41	NC_019434	CA	3	6	1389	1394	50 %	0 %	0 %	50 %	414075298
42	NC_019434	T	6	6	1441	1446	0 %	100 %	0 %	0 %	414075298
43	NC_019434	AGA	2	6	1450	1455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075298
44	NC_019434	CAA	2	6	1495	1500	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075298
45	NC_019434	CAA	3	9	1538	1546	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414075298
46	NC_019434	GTT	2	6	1570	1575	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075298
47	NC_019434	AGA	2	6	1576	1581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075298
48	NC_019434	CAAT	2	8	1654	1661	50 %	25 %	0 %	25 %	414075298
49	NC_019434	A	6	6	1725	1730	100 %	0 %	0 %	0 %	414075298
50	NC_019434	AGA	2	6	1735	1740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075298
51	NC_019434	TGG	2	6	1760	1765	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414075298
52	NC_019434	GAT	2	6	1783	1788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075298
53	NC_019434	AAAG	2	8	1797	1804	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019434	ATAA	2	8	1976	1983	75 %	25 %	0 %	0 %	414075299
55	NC_019434	TAT	2	6	2018	2023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075299
56	NC_019434	AT	3	6	2033	2038	50 %	50 %	0 %	0 %	414075299
57	NC_019434	TAT	2	6	2045	2050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075299
58	NC_019434	TTA	2	6	2053	2058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075299
59	NC_019434	TTTA	2	8	2094	2101	25 %	75 %	0 %	0 %	414075299
60	NC_019434	TCT	2	6	2125	2130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075299
61	NC_019434	ATT	2	6	2169	2174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075299
62	NC_019434	CATTC	2	10	2213	2222	20 %	40 %	0 %	40 %	414075299
63	NC_019434	ATT	2	6	2265	2270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075299
64	NC_019434	T	9	9	2269	2277	0 %	100 %	0 %	0 %	414075299
65	NC_019434	TAT	2	6	2303	2308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075299
66	NC_019434	TTTA	2	8	2382	2389	25 %	75 %	0 %	0 %	414075299
67	NC_019434	AAAT	2	8	2400	2407	75 %	25 %	0 %	0 %	414075299
68	NC_019434	TAAT	2	8	2423	2430	50 %	50 %	0 %	0 %	414075299
69	NC_019434	TAAA	2	8	2463	2470	75 %	25 %	0 %	0 %	414075299
70	NC_019434	CA	3	6	2498	2503	50 %	0 %	0 %	50 %	414075299
71	NC_019434	TAA	2	6	2511	2516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075299
72	NC_019434	TGT	2	6	2524	2529	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075299
73	NC_019434	T	6	6	2565	2570	0 %	100 %	0 %	0 %	414075299
74	NC_019434	ACTA	2	8	2589	2596	50 %	25 %	0 %	25 %	414075299
75	NC_019434	ATT	2	6	2632	2637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075299
76	NC_019434	TTTAA	2	10	2638	2647	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019434	ATT	2	6	2671	2676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019434	TTAT	2	8	2677	2684	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019434	A	6	6	2738	2743	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019434	A	6	6	2782	2787	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019434	CAATGA	2	12	2789	2800	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_019434	AG	3	6	2802	2807	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019434	A	7	7	2837	2843	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019434	A	6	6	2861	2866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019434	AAAT	2	8	2943	2950	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019434	A	7	7	2961	2967	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019434	GATA	2	8	2983	2990	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019434	AGA	2	6	2995	3000	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019434	AT	3	6	3005	3010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019434	AGA	2	6	3034	3039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019434	AAT	2	6	3044	3049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019434	A	7	7	3061	3067	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019434	AATT	2	8	3154	3161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019434	A	6	6	3166	3171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019434	TAAT	2	8	3184	3191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019434	T	7	7	3191	3197	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019434	ACC	2	6	3219	3224	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_019434	AAAAAT	2	12	3225	3236	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019434	AAAAT	2	10	3255	3264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019434	ATT	2	6	3297	3302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019434	GT	3	6	3313	3318	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019434	AC	3	6	3319	3324	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_019434	A	7	7	3403	3409	100 %	0 %	0 %	0 %	414075300
104	NC_019434	GA	3	6	3421	3426	50 %	0 %	50 %	0 %	414075300
105	NC_019434	ATT	2	6	3427	3432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075300
106	NC_019434	A	8	8	3434	3441	100 %	0 %	0 %	0 %	414075300
107	NC_019434	TTC	2	6	3442	3447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075300
108	NC_019434	AGA	2	6	3459	3464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075300
109	NC_019434	TGA	3	9	3479	3487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414075300
110	NC_019434	T	6	6	3548	3553	0 %	100 %	0 %	0 %	414075300
111	NC_019434	ATT	2	6	3580	3585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414075300
112	NC_019434	ATA	2	6	3629	3634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414075300
113	NC_019434	TCAA	2	8	3635	3642	50 %	25 %	0 %	25 %	414075300
114	NC_019434	AAAATA	2	12	3662	3673	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	414075300
115	NC_019434	A	6	6	3769	3774	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019434	TTC	2	6	3818	3823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019434	T	6	6	3839	3844	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019434	TGA	2	6	3851	3856	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019434	ATAA	2	8	3878	3885	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019434	TACA	2	8	3926	3933	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_019434	ATT	2	6	3969	3974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019434	GAAC	2	8	4088	4095	50 %	0 %	25 %	25 %	414075301
123	NC_019434	A	6	6	4096	4101	100 %	0 %	0 %	0 %	414075301
124	NC_019434	TC	3	6	4102	4107	0 %	50 %	0 %	50 %	414075301
125	NC_019434	TGTT	2	8	4114	4121	0 %	75 %	25 %	0 %	414075301
126	NC_019434	A	6	6	4137	4142	100 %	0 %	0 %	0 %	414075301
127	NC_019434	GAA	3	9	4157	4165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414075301
128	NC_019434	T	7	7	4175	4181	0 %	100 %	0 %	0 %	414075301
129	NC_019434	CTT	2	6	4182	4187	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414075301
130	NC_019434	AAAG	2	8	4200	4207	75 %	0 %	25 %	0 %	414075301
131	NC_019434	ATTTT	2	10	4219	4228	20 %	80 %	0 %	0 %	414075301
132	NC_019434	TGT	2	6	4398	4403	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414075301
133	NC_019434	TTA	2	6	4433	4438	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019434	ATTTT	2	10	4482	4491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019434	A	8	8	4493	4500	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019434	AGA	2	6	4558	4563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019434	T	6	6	4624	4629	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019434	GTG	2	6	4655	4660	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019434	ATT	2	6	4749	4754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019434	TTA	2	6	4873	4878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019434	AAT	2	6	4948	4953	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019434	T	7	7	5008	5014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019434	ATTT	2	8	5055	5062	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019434	TTA	2	6	5071	5076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019434	A	7	7	5165	5171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019434	A	7	7	5173	5179	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019434	TA	5	10	5190	5199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019434	TA	3	6	5207	5212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019434	A	8	8	5238	5245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019434	AAT	2	6	5270	5275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019434	A	6	6	5284	5289	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019434	A	6	6	5306	5311	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_019434	A	6	6	5328	5333	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019434	A	6	6	5350	5355	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019434	GAA	2	6	5394	5399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_019434	TTC	2	6	5418	5423	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_019434	TCAC	2	8	5438	5445	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.